Ideowym twórcą wydawnictwa „Studia Gnesnensia” jest kard. August Hlond, prymas Polski. Otwierając w 1928 roku odnowione Seminarium Duchowne w Gnieźnie (Studium Filozoficzne) wyraził życzenie, aby stało się ono ośrodkiem pielęgnowania myśli neoscholastycznej na wzór Wyższego Instytutu Filozofii Neoscholastycznej im. Kard. Mercier w Leuven (Belgia). Zachęcił również profesorów seminaryjnych do publikowania swoich osiągnięć naukowych. Niebawem apel prymasa podjął młody wykładowca filozofii ks. Kazimierz Kowalski (1896¬1972). Był on dobrze przygotowany do spełnienia roli wydawcy i redaktora pisma teologiczno - filozoficznego. Po studiach w belgijskim Instytucie i uzyskaniu promocji w 1925 roku. podjął wykłady w Seminariach Duchownych w Poznaniu i Gnieźnie. Habilitował się dwukrotnie: na Wydziale Teologicznym UJ (1930) i na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Poznańskiego (1937), gdzie podjął wykłady w zakresie dziejów tomizmu. W latach 1946-1972 był biskupem chełmińskiej. Pierwszy tom wydawnictwa „Studia Gnesnensia” ukazał się w 1936 roku. Do wybuchu II wojny światowej ukazało się 17 tomów jako seria monografii. Wydawnictwo publikowało rozprawy z zakresu filozofii i teologii w języku polskim, niemieckim, łacińskim i francuskim, w tym szereg prac doktorskich obronionych na uniwersytetach zagranicznych. Ukazały się także dwa tomy z zakresu historii. Kolejne dwa tomy (XVIII i XIX), złożone już do druku, zostały zniszczone przez hitlerowców. „Studia Gnesnensia” cieszyły się wysoką renomą w kraju i za granicą. Ubiegano się o publikowanie na ich łamach rozpraw doktorskich. Prymas Stefan Wyszyński napisał w 1974 roku: „Jako dawniejszy redaktor naczelny "Ateneum Kapłańskiego" mogę dziś stwierdzić, że «Studia Gnesnensia» były dobrze notowane wśród wydawnictw krajowych i zagranicznych, których z obowiązku musiałem wiele przeglądać. Nawet otrzymałem szereg zapytań z instytucji wydawniczy zagranicznych o losy wydawnictwa".
W 1975 r. „Studia Gnesnensia” wznowiły swą działalność jako czasopismo. W nowej serii, która otrzymała nową numerację, ukazało się dotychczas 26 tomów. Od roku 1997 „Studia Gnesnensia” są regularnie ukazującym się rocznikiem. Nie są one już seryjnym wydawnictwem monograficznym, lecz czasopismem naukowym publikującym artykuły, recenzje i komunikaty. Ważnym działem jest dorobek naukowy środowiska gnieźnieńskiego. Pod względem merytorycznym czasopismo koncentruje się głównie na tematyce biblijnej, teologicznej, filozoficznej i historycznej, choć są publikowane także opracowania z innych dziedzin nauki. Kontynuacją przedwojennej inicjatywy ks. Kowalskiego jest ukazująca się równolegle z czasopismem „Studia Gnesnensia" współczesna seria monografii „Billiotheca Studia Gnesnensia”, która liczy już 16 tomów.
Czasopismo "Studia Gnesnensia" jest dostępne obecnie zarówno w formie drukowanej, jak i elektronicznej, przy czym wersja papierowa jest wersją pierwotną.
